В центре повествования оказывается Томас, юноша, который просыпается в лифте, стремительно движущемся наверх. Его память полностью стерта, он не помнит ни своего прошлого, ни того, как сюда попал. Когда дверь открывается, он оказывается в Лабиринте — огромном, постоянно меняющемся каменном сооружении, окруженном со всех сторон непроходимыми стенами. Это место называется Глейд, изолированное сообщество молодых людей, которые, подобно Томасу, были доставлены сюда с пустыми воспоминаниями. Их реальность жестока и проста: каждое утро массивные стены, защищающие их от внешнего мира, открываются, а вечером — захлопываются, чтобы уберечь от ужасных существ, известных как Гриверы. Эти механические твари, оснащенные смертоносными лезвиями и шипами, патрулируют Лабиринт ночью, делая его исследование чрезвычайно опасным. Единственная надежда обитателей Глейда на спасение — это Бегуны, самые смелые и выносливые из них, которые каждодневно рискуют жизнью, составляя карту гигантского лабиринта в поисках выхода. Их общество функционирует по строгим правилам, установленным для выживания, но с появлением Томаса, который с первых дней проявляет нехарактерную для новичка смелость и решительность, привычный ход вещей начинает рушиться. Появление Томаса становится катализатором череды необъяснимых и пугающих событий, которые бросают вызов устоявшемуся порядку в Глейде. Он не вписывается в систему, его любопытство и стремление стать Бегуном вопреки запретам вызывают конфликты, но также и вселяют в некоторых новую надежду. Вместе с такими же решительными товарищами, как храбрая и неустрашимая Тереза, первая и единственная девушка, когда-либо попавшая в Глейд, Томас начинает раскрывать мрачные тайны их тюрьмы под открытым небом. Они сталкиваются не только с внешней угрозой в лице Гриверов, но и с внутренним расколом, поскольку часть обитателей предпочитает слепое подчинение и безопасность в стенах, в то время как другие готовы на любой риск ради свободы. С каждым днем Лабиринт преподносит новые загадки, а его механические стены сдвигаются, создавая новые ловушки и открывая новые пути. Герои понимают, что их судьба — это часть чьего-то тщательно продуманного и жестокого плана, и чтобы выжить и обрести ответы, им придется не просто бежать, а сражаться, бросив вызов самой системе, которая держит их в заточении. Их борьба за выживание превращается в отчаянную попытку разгадать головоломку Лабиринта, цена ошибки в которой — неминуемая гибель.